Prezidium má koordinační, informační a výkonnou funkci. Řídí AKP ČR v době mezi valnými hromadami. Ve své činnosti je zodpovědné valné hromadě. Je tvořeno členy, kteří jsou přímo voleni valnou hromadou a dále předsedy oblastních poboček; na jednání prezidia může předsedu oblastní pobočky zastoupit místopředseda této pobočky s hlasovacím právem. Funkční období prezidia je čtyřleté, schází se pravidelně každé první pondělí v měsíci, mimo měsíce letních prázdnin.

Usnášení schopné je při nadpoloviční účasti členů a rozhoduje nadpoloviční většinou hlasů přítomných na řádně svolané schůzi; přijatá usnesení jsou závazná pro všechny orgány a všechny členy spolku.